Zamiarem założyciela Zamościa było jednak, by Ordo Fratrum Minorum Conventualium – miał swój klasztor wewnątrz murów twierdzy. Wolę hetmana spełnił jego syn Tomasz Zamoyski w roku 1627, darowując zakonnikom duży plac przeznaczony pod budowę kościoła i klasztoru w pobliżu Bramy Lwowskiej. Równocześnie klasztor otrzymał pieczęć z wizerunkiem Chrystusa ukazującego św. Tomaszowi ranę w boku. Pieczęć ta jednoznacznie określała ścisły związek konwentu franciszkanów z twierdzą zamojską.

Po wyznaczeniu przez ordynata miejsca na budowę cegielni – na Przedmieściu Lwowskim w Zamościu zakonnicy podjęli produkcję cegły i wkrótce zgromadzili materiał potrzebny do rozpoczęcia budowy kościoła i klasztoru. Ordynat Tomasz Zamoyski zaakceptował przedstawiony przez franciszkanów projekt i 18 lutego 1636 roku wyznaczył szczegółowe granice placu uprzednio przyznanego zakonnikom. Plac ten ciągnął się wzdłuż muru twierdzy – od Bramy Lwowskiej ku cerkwi greckiej, a wszerz – od wału fortecznego, aż do ulicy Ślusarskiej (obecnie Żeromskiego). Wał forteczny został także oddany franciszkanom: dla użytku braci i godziwej dla nich rekreacji. Nie wolno było jednak wprowadzać pod wał piwnic, ani stawiać na nim murowanych budowli, gdyż tamowałoby to możliwość obejścia umocnień miejskich. W przypadku zagrożenia ze strony nieprzyjaciela miało być pozostawione wolne przejście dla ludzi i armat.

W dzień św. Antoniego Padewskiego – 13 czerwca 1637 roku odbyła się uroczystość położenia kamienia węgielnego pod budowę kościoła. Świątynia pod wezwaniem Zwiastowania NMP, świętych Franciszka i Antoniego, Katarzyny i Barbary – ufundowana przez ordynata Tomasza Zamoyskiego i jego żonę Katarzynę z Ostrogskich, usytuowana została w północno – wschodniej części przyznanego franciszkanom placu, w pobliżu Bramy Lwowskiej. Kanclerz zadeklarował sumę 1600 florenów rocznie na potrzeby budowy kościoła i klasztoru, aż do całkowitego ich ukończenia.

Po południowej stronie orientowanej świątyni w 1643 roku na prośbę ówczesnego gwardiana o. Ambrożego Wierusza, małoletni ordynat Jan III Zamoyski, wytyczył zgodnie z wcześniejszymi planami miejsce pod budowę klasztoru. W dokumencie darowizny z datą 8 sierpnia 1643 roku Zamoyski wezwał właścicieli działek wchodzących w obręb terenu przeznaczonego pod klasztor, by przekazali swe grunta dla konwentu, zaś zakonników, aby zapłacili za to godziwą cenę.

Dzięki licznym ofiarodawcom i donatorom budowa koscioła i klasztoru franciszkańskiego postępowała dość szybko. W połowie lat 50-tych XVII w. stan zaawansowania prac pozwalał już na przeniesienie zakonników z Przedmieścia Lwowskiego, gdzie stary klasztor spalony przez wojska kozackie w 1648 roku, nie nadawał się już do użytku. 6 marca 1655 roku biskup chełmski Stanisław z Buzynina Pstrokoński wydał zakonnikom zezwolenie na opuszczenie dawnego miejsca na Przedmieściu Lwowskim i zamieszkania wewnątrz murów obronnych miasta, przy nowo wybudowanym kościele.

Z 1657 roku pochodzi protokół wizytacyjny, w którym gwardian o. Stanisław Neopherano i o. Anicetus Mazurkowski – komisarz budowy, przedstawiają trudności ekonomiczne związane z ukończeniem wspaniałej budowli wznoszonej na chwałę Bożą i na ozdobę miasta Zamościa. Trudności piętrzyły się w związku z toczącą się wokół wojną, z oblężeniem szwedzkim w 1656 roku i zarazą, jaka opanowała miasto w 1657 roku.

Dzięki zapobiegliwości i staraniom gwardiana o. Wincentego Morze bazylika franciszkańska ukończona została w 1662 roku. Trzy lata jeszcze trwały niezbędne prace wykończeniowe, aż do roku 1665, gdy godność gwardiana piastował o. Bartłomiej Grzymalski – odbyło się uroczyste poświęcenie kościoła i klasztoru przez biskupa sufragana chełmskiego Mikołaja Swirskiego.

Kościół wybudowany według planów wykonanych w latach 30-tych XVII w. był wysoko wypiętrzoną, smukłą bazyliką z dwiema kaplicami na linii transeptu. Wysoki, kryty dachówką dach, miał pośrodku kalenicy wieżyczkę z sygnaturką. Wzorem kolegiaty, elewacje kościoła wyposażono w system artykulacji pilastrowej w wielkim porządku korynckim. Serliańska osnowa modularna oraz niezwykła w kręgu lubelskim alternacja par i triad pilastrowych zadecydowały o wspaniałości architektury gmachu franciszkanów. Prekursorska była koncepcja fasady zachodniej z zastosowaniem triad pilastrowych flankujących szerokie przęsło środkowe z portalem głównym. Oryginalność rozwiązania elewacji wschodniej także zasługuje na uwagę, ze względu na rzadki schemat 5-osiowy. Szczęśliwie, te właśnie ściany obwodowe bazyliki franciszkańskiej zachowały się do dzisiaj. We wnętrzu artykulacja ścienna łączyła się ze sklepienną w barokowy system przęsłowy. Pary pilastrów korynckich, których uskoki powtarzało belkowanie wertykalizowały wnętrze. Piony porządku znajdowały przedłużenie w gurtach rytmizujących sklepienie. Skala i ranga tej architektury pozwala przypuszczać, że jej twórcą był zaangażowany przez franciszkanów jeden z wybitnych Włochów pracujących w Polsce.

Z tym etapem dziejów świątyni franciszkańskiej, wiąże się obraz – Adoracja Najświętszej Maryi Panny przez św. Jana Kantego i św. Antoniego namalowany w związku z poświęceniem świątyni około roku 1662. Nad prawym ramieniem św. Antoniego widać wyraźnie bazylikę franciszkańską w formie jaką uzyskała w roku 1662. Franciszkański święty – Antoni Padewski, wespół z patronem Akademii Zamojskiej – św. Janem Kantym – klęczą na skarpie nad Wielką Zalewą, której wody od południa oblewają Zamość. Opieka Najświętszej Maryi Panny nad miastem jest skutkiem szczególnego wstawiennictwa tych świętych. Sens obrazu i związek urealnionych postaci świętych z twierdzą zamojską staje się wyraźniejszy przez porównanie z bardziej tradycyjną w formie grafiką przedstawiającą protektorów Padwy.

Obraz odzwierciedla bliskość zamojskich franciszkanów i środowiska akademickiego, szczególnie wyraźną w połowie wieku XVII. Jako przykład tego zjawiska służyć może osoba gwardiana klasztoru o. Franciszka Zardeckiego, który był jednocześnie profesorem teologii moralnej, a w 1656 roku został dziekanem Akademii.

Dzięki aktualizacji tematu religijnego i szczególnej roli, jaką pełni w obrazie realistycznie malowany pejzaż miasta i jego okolic, jest to jedna z najpiękniejszych polskich wedut XVII w. Wspaniała sylweta miasta – twierdzy pokazana jest od strony Wielkiej Zalewy zaprojektowanej u boku Zamościa nie tylko ze względów obronnych, ale i widokowych. Kępa na zalewie była miejscem przeznaczonym do podziwiania panoramy miasta. Stamtąd właśnie sportretowano Zamość.

Z całości założenia klasztornego zaprojektowanego w latach 30-tych XVII w., do roku 1665 zrealizowano tylko część. Dalszą rozbudowę klasztoru podjął w 1667 roku gwardian o. J. F. Dłuski (od roku 1662 – profesor teologii w Akademii). Budowa ta jednak jako niezgodna z dawnymi planami, nie znalazła uznania w oczach prowincjała zakonu wizytującego konwent w roku 1669. Fundamenty rozebrano, a materiał złożono w oczekiwaniu na lepsze czasy.

Niespodziewanie 8 stycznia 1672 roku wielki pożar w południowo-wschodniej części miasta zniszczył kościół i klasztor. Spłonęła biblioteka klasztorna oraz wiele sprzętów we wnętrzu kościoła. Troska ordynata Marcina Zamoyskiego pomogła zakonnikom przystosować wnętrze do użytku kultowego. Ordynat sprzyjał poczynaniom franciszkanów zamierzających nie tylko uzupełnić i upiększyć wnętrze kościoła, lecz także dokonać zmian w jego architekturze zewnętrznej. Księga wydatków z lat 1680-1685 odnotowuje wykonane roboty murarskie, naprawę dachów oraz prace snycerskie i stolarskie przy ołtarzach, ławkach, stallach, konfesjonałach, drzwiach i oknach. Remontowano wtedy ołtarz główny i ołtarz św. Antoniego Padewskiego. Snycerz Stanisław wykonał ołtarz św. Anny, a snycerz Marcin rzeźby do stall i ławek. Ściany kościoła ozdobiono polichromią o tematyce historyczno-religijnej. Znane jest nazwisko malarza, który wykonał przynajmniej trzy ścienne kompozycje we wnętrzu kościoła w latach 1681-1683. Był nim zatrudniony także przez ordynata przy dekoracji pałacu Jacek Chylicki.

Robotami murarskimi przy kościele i klasztorze kierował zamojski ceitwart Jan Michał Link. Kształcony na koszt ordynacji w krajach Europy północnej, nadał kościołowi franciszkanów charakter odmienny od włoskiej tradycji artystycznej. Wschodnią i zachodnią elewację zwieńczył olbrzymimi szczytami dwukrotnie wyższymi od ścian lateralnych kościoła. W ten sposób budowla uzyskała dwie parawanowe, dwukondygnacyjne elewacje o zdecydowanie barokowym wyrazie. Pilastrowo-płycinowa dekoracja piramidalnych szczytów połączona z esownicami i obeliskami wywodziła się z repertuaru form stosowanych jeszcze w latach 20-tych XVII w., w kręgu lubelskim.

Jednak ogromna skala szczytów, bogactwo kamieniarskich detali zorganizowanych w system ramowy z dominantą środkowej aediculi, każe widzieć w nich nową interpretację regionalnych motywów.

O ile szczyt zachodni wydaje się bardziej płaski i tradycyjny, to szczyt wschodni z motywem spiętrzonej aediculi stanowiącym kanwę jego kompozycji – prezentuje formę nowatorską. Silny wertykalizm, wyraziste podziały oraz zadrobnienie form wewnątrz i na obrzeżach szczytów decydują o specyfice i wyjątkowej klasie tej architektury.

Większość kościołów barokowych skupia uwagę widza na fasadzie zachodniej. W zamojskim kościele franciszkanów równie ważna, o ile nie ważniejsza jest elewacja wschodnia, a właściwie jej zwieńczenie. Szczególna rola szczytu wschodniego polega na tym, że mógł on być oglądany tylko spoza zasięgu murów miasta. J. M. Link specjalizował się w pracach fortyfikacyjnych i w tym samym czasie, kiedy nadzorował roboty przy kościele, także modernizował system obronny Zamościa. Szczytowi wschodniemu będącemu częścią kościoła Mariackiego, a zarazem tak dobitnie wyeksponowanym głównym elementem wschodniej panoramy miasta – nadał charakter corona muralis. Ideę opieki Najświętszej Panny Maryi nad miastem zarysował przez wzniesienie szczytu jej świątyni ponad obwodem murów i to od strony najsilniej ze względów topograficznych narażonej na atak nieprzyjaciela. Skala szczytu wynika z potraktowania go przez J. M. Linka jako elementu panoramy urbanistycznej i złożonej symboliki miasta-twierdzy.

Nieprzypadkowo, właśnie wschodnią elewację kościoła przedstawiają fotografie, drzeworyty i pocztówki z XIX w. Fascynacja tym imponującym widokiem sięga do naszych czasów.

Związek kościoła z murem fortecy daje o sobie znać w słowach XVII-wiecznego hymnu bractwa Szkaplerza Świętego (bractwo takie istniało przy zamojskim kościele franciszkanów jeszcze w 1774 r.).

…Nie tak zbroyny podczas woyny żołnierz w szyszaku,
Jak w zbawiennym dwuramiennym Maryi znaku,
Jeszcze kula niebyła, by tę suknię przeszyła,
Y granaty od tej szaty odpadać zwykły…

W roku 1687 ukończono budowany według projektu J. M. Linka sąsiadujący z kościołem klasztor, czworoboczną dzwonnicę oraz połączone z nią reprezentacyjne wejście do świątyni. Duże ilości kamienia zakupionego przez zakonników w 1681 roku posłużyły nie tylko do budowy szczytów, lecz także do konstrukcji przedproża ze schodami i galerią oraz kolumnowego portalu wejściowego. W płycinie nad portalem umieszczono łaciński napis: DOMUM TUAM DOMINE, TUA PROVIDENTIA DECET (oznacza on: NAD DOMEM TWOIM, PANIE, CZUWA TWA OPATRZNOŚĆ) . Pod nim franciszkański emblemat zakonny: skrzyżowane ręce Chrystusa i św. Franciszka na tle krzyża.

Klasztor murowany tylko częściowo, posiadał sklepione piwnice, a cele usytuowane w parterze i dwu piętrach po obu stronach korytarza mogły pomieścić około 50 zakonników. Wnętrza w układzie trzytraktowym były sklepione. Z północną ścianą skrzydła klasztornego połączona była monumentalna dzwonnica z trzema dzwonami dorównująca wysokością wyniosłym szczytom kościoła.

Znany widok szwedzki z 1704 roku ukazuje tę dzwonnicę z pięknym hełmem. Zapewne pożary towarzyszące wojnie północnej (zwłaszcza ten, który wybuchł w 1709 roku w południowej części miasta) zniszczyły ten hełm i na późniejszych widokach dzwonnica ma skromny dach czterospadowy.

Liczne zachowane plany miasta pozwalają na określenie granic założenia kościelno-klasztornego, które podczas rozbudowy po pożarze w 1672 roku – przesunęły się w kierunku zachodnim (w stronę dzisiejszej ulicy Bazyliańskiej). Zachodnią granicę założenia stanowił budynek gospodarczy ze stajniami, wozownią, izbą czeladną, kuchnią i browarem (usytuowany na linii dzisiejszej wschodniej elewacji Domu Centralnego). Południową granicę stanowił mur przylegający do zespołu kościoła greckiego. Wschodnią granicą był równoległy do umocnień miejskich mur klasztorny z dwiema furtami: jedną przy Bramie Lwowskiej, drugą przy południowo-wschodnim narożniku kościoła. Podział terenu należącego do zakonników na zadrzewioną część klasztorną po stronie wschodniej i gospodarczą z ogrodem parterowym po stronie południowo-zachodniej, widać na precyzyjnym planie austriackim z roku 1777.

Bogate wnętrze kościoła pokryte polichromią i sztukateriami, wyposażono w ołtarze, rzeźby i obrazy tworzące wspólny program treściowy – ku chwale Najświętszej Panny Maryi. W ołtarzu głównym gdańskim ozdobionym piękną, snycerską robotą pod wezwaniem Najświetszej Panny Maryi znajdowało się pięć obrazów i cyborium. Boczne ołtarze o formie tryptyków poświęcone były Św. Franciszkowi (w kaplicy północnej) i św. Antoniemu Padewskiemu (w kaplicy południowej). Sześć mniejszych ołtarzy stało przy filarach. Zarówno ambona jak i chór muzyczny były bogato zdobione. W kościele wisiało 15 dużego formatu obrazów z życia Najświętszej Panny Maryi (sądząc z liczby, był to cykl Siedmiu Radości Maryi oraz Siedmiu Boleści Maryi wraz z obrazem łączącym te cykle). Po obu stronach nawy głównej stało 12 wielkich, wykonanych w drewnie rzeźb, polichromowanych i złoconych przedstawiających Apostołów. Nad nimi królowała postać Chrystusa. Wśród nagrobków zwracał uwagę pomnik Pawła Słotowskiego, dowódcy husarii walczącego przeciw Kozakom i Tatarom, zmarłego w 1653 roku.

Wnętrze oświetlały 22 okna wyposażone w drobne, kwadratowe szybki. Dwubarwną, czarno-białą posadzkę tworzyły marmurowe płyty ilości 2304 sztuk (kwadratowe tafle o boku równym 12 cali).

Po zakończeniu prac przy kościele i klasztorze, 4 września 1689 roku odbyło się uroczyste dedicatio, którego dokonał biskup chełmski Stanisław Jacek Święcicki. Biskup konsekrował też ołtarz główny Zwiastowania Najświetszej Maryi Panny oraz ołtarze św. Franciszka i Antoniego Padewskiego. Na pamiatkę tej uroczystości we wnętrzu kościoła zawieszono portret biskupa S. J. Święcickiego.

W roku 1705 w świątyni franciszkańskiej pojawił się wspaniały nagrobek z czerwonego marmuru poświęcony pochowanemu w krypcie grobowej opatowi czerwińskiemu, biskupowi chełmskiemu Mikołajowi Michałowi Wyżyckiemu. Pełnił on funkcję kanclerza Akademii Zamojskiej, był doradcą i przyjacielem króla Jana III.

Wnętrze wzbogaciło się jeszcze w roku 1774, kiedy to wykonano dwa nowe ołtarze, umieszczając je w oknach kaplic św. Franciszka i Antoniego. W oknie północnym ulokowano ołtarz Pasji Jezusa, zaś w oknie południowym ołtarz Św. Józefa z Kupertynu (włoski franciszkanin kanonizowany w 1767 r.).

W czasie I rozbioru Rzeczypospolitej Zamość został zajęty przez Austrię i włączony do Królestwa Galicji i Lodomerii. Czasy panowania austriackiego były ostatnim okresem funkcjonowania klasztoru i kościoła. Wkrótce po swej bytności w Zamościu cesarz Józef II wydał zakonnikom rozkaz przeniesienia do skasowanego w 1782 roku klasztoru klarysek. Do skasowanego w 1874 roku klasztoru franciszkanów zaś sprowadzono szarytki ze Lwowa, do opieki nad chorymi żołnierzami. Starania prowincjała zakonu o. Żaboklickiego oraz ordynata Andrzeja Zamoyskiego doprowadziły do powrotu zakonników do swego macierzystego kościoła i klasztoru w roku 1787. Siostry Miłosierdzia przeniosły się do klasztoru po klaryskach nadal sprawując opiekę nad chorymi. Jak piszą zamojscy dziejopisarze J. K. Kochanowski i J. A. Wadowski – świątynię franciszkańską uratował zachwyt cesarza nad wspaniałością jej architektury i wyposażenia. Dzięki temu sprzęty kościelne nie znalazły się na licytacji, jak stało się to z wyposażeniem innych zamojskich kościołów. „…Oko znające piękną architekturę osądziło ją być godną Domu Bożego. (…)”. Ocalał więc jeden z najpiękniejszych i najwspanialszych zabytków budownictwa krajowego i choć różne miał przeznaczenie przez wiele lat był prawdziwą w swych zewnętrznych kształtach świątyni ozdobą Zamościa, aż do roku 1794, w którym uległ przekształceniom na szpital wojskowy. Franciszkanie wprawdzie mieszkali jeszcze w klasztorze, lecz wiadomo było, że są to ostatnie lata ich pobytu w Zamościu. Zajęty przez Austriaków kościół w roku 1808 przeznaczono na skład zboża, a klasztor na kancelarię wojskową.

Po zdobyciu twierdzy przez wojska Księstwa Warszawskiego w 1809 roku funkcje kościoła i kasztoru pozostały niezmienione. Nadal kościół był magazynem a klasztor stał się kancelarią wojskową i szpitalem zarazem.

Dnia 13 lutego 1812 roku wydanym w Dreźnie dekretem króla saskiego i księcia warszawskiego Fryderyka Augusta zdecydowano, aby dwa zniesione klasztory franciszkańskie – zamojski i szczebrzeski, ze wszystkimi sprzętami jakie do nich należały, przeniesione zostały do dwóch innych konwentów tej samej reguły – Górecka i Puszczy Solskiej. Na krótko przed opuszczeniem Zamościa zakonnicy zadbali o odpowiednie zabezpieczenie argentariów kościelnych. Z 11 grudnia 1811 roku pochodzi konsygnacja rzeczy kosztownych konwentu franciszkanów zamojskich oddanych pod opiekę stosowną J. Czarnołuskiemu kanonikowi przemyskiemu i dziekanowi kolegiaty zamojskiej. Ten cenny depozyt został częściowo uszczuplony w czasie bohaterskiej obrony twierdzy przed Rosjanami w 1813 roku. Na potrzebę wojska wzięto jednak najmniej wartościowe artystycznie przedmioty o wadze 159 funtów. Posłużyły one do produkcji monet w mennicy zorganizowanej przez gubernatora twierdzy generała Maurycego Haukego. Łącznie wykonano 7830 sztuk srebrnych monet dwuzłotowych (z austriackich miedzianych szecio-grajcarówek wykonano 1330 szeciogroszówek). Na awersie obu monet znalazły się słowa: Boże dopomóż wiernym Ojczyźnie oraz 2 złote 1813. Na drugiej stronie był napis: Moneta w oblężeniu Zamościa. Wybite w garnizonowej mennicy pieniądze miały służyć ludności i wojsku jako obiegowy środek płatniczy.

Zdecydowana większość sreber franciszkańskich pozostała w skarbcu kolegiaty jako depozyt. Szczegółowy spis tych argentariów pochodzący z 19 czerwca 1819 roku zachował się do naszych czasów.

Walki o Zamość w 1809 roku i oblężenie w 1813 roku nie naruszyły dekoracji ani architektury kościoła.

Po roku 1814 Rosjanie, nowi właściciele Zamościa utrzymali w mocy decyzję Księstwa Warszawskiego o zamianie miasta na twierdzę krajową. Zamość jako ogniwo systemu obronnego imperium rosyjskiego nad granicą austriacką weszło w okres niekorzystnych dla jego architektury przemian. Realizacja projektu rozbudowy i modernizacji twierdzy oznaczała daleko idącą ingerencję wojska w funkcję i wygląd budowli miejskich. Twórcą projektów zamieniających renesansowe i barokowe budowle na zgrzebne pomieszczenia koszarowomagazynowe był ówczesny Dyrektor Korpusu Inżynierii, generał brygady Jan Mallet-Malletski. Z 1817 roku pochodzi jego projekt przebudowy kościoła franciszkanów na magazyn, który doskonale ilustruje zamierzenia Dyrekcji Inżynierii względem tego obiektu. Projekt nie został zrealizowany od zaraz, gdyż kościół pozostawał pod zarządem administracji cywilnej. Już w kwietniu 1819 roku wolą Jego Cesarsko-Królewskiej Mości wszelkie zabudowania w Królestwie Polskim na użytek wojska zajęte, a dotąd pozostające pod administracją władz cywilnych przeszły zupełnie pod zarząd i administrację Komisji Rządowej Wojny. W czerwcu 1819 roku kościół wraz z pozbawionym dachu klasztorem odebrane zostały od władzy cywilnej przez Dyrekcję Inżynierii. Generał Malletski podczas lustracji magazynu Dyrekcji Artylerii stwierdził, że składy materiałów artyleryjskich są przechowywane w złych warunkach i przeznaczył odtąd kościół franciszkanów na ten cel. W związku z tą decyzją oczyszczono krypty grobowe wywożąc ziemię i czyniąc z nich piwnice. W kościele urządzono skład lawet i przedkar, a od 1820 roku część zajęto na szpital garnizonowy. W tym samym czasie przekazano sprzęty z kościoła do dyspozycji ordynata, aby podzielił je między kościoły parafialne będące w jego kollacji. Wyposażenie usunięto z kościoła dopiero w roku 1821, kiedy doszły do skutku układy z ordynatem w sprawie zamiany Zamościa na dobra rządowe. Transakcja ta umożliwiła pełną swobodę decyzji w sprawie przeznaczenia kościoła i klasztoru franciszkańskiego. W roku 1821 rozebrano klasztor i dzwonnicę. Wkrótce potem przeprowadzono w dawnym kościele prace budowlane, które zdecydowanie zmieniły stopień jego przydatności do celów wojskowych. Obniżono dach nad nawą główną – pierwotna wysokość kalenicy sięgała po najwyższy gzyms szczytu, co widać na projekcie Malletskiego z 1817 roku i przekroju podłużnym kościoła z 1820 roku. Wnętrze kościoła przedzielono na dwie kondygnacje, dzieląc wysokie okna na dwa mniejsze. Przebudowa miała charakter doraźny, niszczono tylko te elementy, które przeszkadzały wprowadzeniu nowej funkcji. W związku z tym, kaplice św. Franciszka i Antoniego jeszcze w 1817 roku zwieńczone kopułami z wyzłoconymi krzyżami – zostały przykryte dachami namiotowymi: Pilastry elewacji skazane zostały na szybkie zniszczenie, bowiem nowe dachy pozbawione były kapinosa i były zbyt płaskie. Po remoncie w budynku umieszczono koszary artylerii i jak pisze J. Jędrzejewicz: „…gdzie niegdyś brzmiała chwała Boża, dziś śpiewy wojenne dają się słyszeć…”

Po kasacie twierdzy w budynku wciąż były koszary. Nadal jednak w popowstaniowej świadomości społeczeństwa gmach ten funkcjonował jako kościelny. K. Strzelecki w Albumie Zamojskie wydany w roku 1877 podpisał fotografię „Kościół pofranciszkański.” Te same podpisy widnieją na pocztówkach według fotografii J. Strzyżowskiego.

Zapewne stan techniczny budowli, jak również potrzeby zwiększenia liczby pomieszczeń koszarowych, były powodem radykalnej przebudowy niweczącej główne wartości architektoniczne dawnego kościoła. Podjęto ją przed rokiem 1895. Datę tę podaje E. Kranz jako rok rozebrania szczytów wschodniego i zachodniego. Zburzono sklepienia nawy głównej obniżając jej ściany o 4 m. Wnętrze przedzielono na trzy kondygnacje podpierając stropy drewnianymi słupami. Przyczyną rozbiórki gigantycznych szczytów nie był zły stan techniczny ich konstrukcji. Relacja E. Kranza spisana w 1922 roku, a dotycząca roku 1895 mówi, że szczyty franciszkańskie rozbijano z wielkim trudem. Mury były tak twarde, że dwu ludzi rozpoczynających rozbiórkę kilofami spadło i zabiło się.

Po usunięciu szczytów, ściany wschodnią i zachodnią zamknięto trójkątnymi frontami. Reprezentacyjny fronton zachodni wypełniono dekoracją sztukarską, umieszczając w centrum dwugłowego, carskiego orła. Symbol Wszechrosji otoczony był wieńcem z liści lauru i dębu oraz wicią akantową. Na elewacjach zniszczone i brakujące kaplice pilastrów wymieniono, wykonując odlewy wzorowane na zachowanych kapitelach korynckich. (Na niektórych zdemontowanych głowicach podczas prac konserwatorskich prowadzonych w latach 1983-1987, przez P. P. PKZ odnaleziono datę 1895). Widoczne na rysunkach z roku 1820 jońskie głowice wieńczące skrajne pilastry, zastąpiono korynckimi. Powiększono także XVIII-wieczną skarpę narożną doprowadzając ją na ścianie zachodniej do wysokości głowic pilastrów. W tak odremontowanym i ozdobionym budynku umieszczono koszary kozackie. Oprócz licznych pułków piechoty, brygady artylerii, Zamość był siedzibą sztabu 1 Dońskiej Dywizji Kozackiej wraz z jej 10 i 13 pułkiem.

W tym kształcie koszary kozackie przetrwały do końca I wojny światowej. W latach 20-tych ubiegłego wieku usunięto symbol carskiego imperium zastępując go polskim orłem w koronie. Zewnętrzny kształt architektoniczny koszarowego budynku pozostał niezmieniony do czasów współczesnych.

W okresie II Rzeczypospolitej prowincjał franciszkanów o. Alojzy Karwacki ubiegał się o zwrot kościoła wraz z placem i piętrowym budynkiem mieszczącym piekarnię wojskową, a zbudowanym na terenie należącym do konwentu. Pomimo że uzyskał przychylność władz diecezjalnych i wojskowych, w budynku pofranciszkańskim znalazły miejsce Sejmik Powiatowy i Dom Ludowy Polskiej Macierzy Szkolnej. Wkrótce władze miasta podjęły adaptację budowli dla celów kulturalno-oświatowych według projektu Edwarda Kranza. Konflikty wokół kształtu projektowanego obiektu sprawiły, że prace wstrzymano na pewien czas zlecając kontynuację projektu Tadeuszowi Zarembie. Prace ukończono szybko, nie licząc się z opinią konserwatora wojewódzkiego urzędującego wtedy w Lublinie.

W 1926 roku otwarto w odremontowanym od środka gmachu – kino o nazwie „Stylowy”. W latach 30-tych w budynku oprócz kina znajdował się teatr, Dom Ludowy, siedziby organizacji i instytucji społecznych, m.in. Powiatowej Kasy Komunalnej oraz Muzeum Regionalnego.

Po II wojnie światowej w roku 1946 ulokowano tu Państwowe Liceum Sztuk Plastycznych, funkcjonujące w murach pofranciszkańskich do roku 2006. Szkoła, która dzięki swej blisko półwiecznej działalności stała się chlubą miasta, zasłużyła na nową siedzibę odpowiadającą współczesnym wymogom nauczania w tego typu placówkach.

Intensywna eksploatacja i wieloletni brak kapitalnego remontu, sprawił, że stan techniczny gmachu był już w latach 70-tych bardzo zły. W roku 1981 wizyta generała Zakonu Redemptorystów o. Józefa Pfhapa z Rzymu i oferta przekazania funduszy na rewaloryzacje zabytku, potraktowana została z właściwą ówczesnej władzy nonszalancją.

Pozytywnym skutkiem rozgłosu wokół kościoła była jednak decyzja władz o zabezpieczeniu elewacji i konserwacji detalu architektonicznego. W ostatniej chwili uratowano XVII-wieczny portal. W tym czasie powstały podstawowe dokumentacje badawcze łącznie z koncepcją rekonstrukcji barokowej budowli. Wykonano nowy dach i tynki. Całość prowadził zamojski oddział Państwowego Przedsiębiorstwa Konserwacji Zabytków.

Erygowanie diecezji Zamojsko-Lubaczowskiej ze stolicą biskupią w Zamościu pozwoliło z nadzieją myśleć o przyszłości budynku mieszczącego dotąd szkołę i kino. Znamienny jest fakt, że dokładnie po dwustu latach znów sacrum zapanowało nad profanum i 25 marca 1994 roku w uroczystość Zwiastowania Najświętszej Maryi  Panny w oddanym franciszkanom kościele była celebrowana pierwsza po wielu latach Msza Święta.